Afin de chercher le réceptacle disparu, la mystérieuse organisation Kara commence à bouger. Dans le même temps, Boruto et Naruto s'affrontent lors d'un entraînement. Boruto est furieux de découvrir un outil scientifique ninja au bras droit de Naruto ! Une nouvelle menace plane sur Konoha, et une nouvelle mission est confiée à Boruto...